突襲世界的大災(zāi)難“第二次沖擊”后，世界在廢墟之上重建。14歲的少年碇真嗣被父親碇元渡叫到第3新東京市。本以為能見到父親迎接的他，卻見到名為“使徒”的巨大生物與軍隊(duì)交火。危急之下，特務(wù)機(jī)關(guān)NERV的葛成美里將真嗣救下，并將其帶往碇元渡所統(tǒng)領(lǐng)的NERV總部。但迎接真嗣的，卻是是父親冷酷地命令：駕駛稱為“EVA”的巨大人型機(jī)器人與使徒戰(zhàn)斗。